שלום רב,
דבר ראשון, כמובן שצריך לתקן את העברה החמורה של עוון זרע לבטלה, ואיסור נידה, בין אתה ובין אשתך, ולכן יש תיקון שכתב רבי יהודה פתייה להתענות יום אחד, ולפדות את התעניות בכסף (כי האריז"ל כתב שעוון נידה צריך להתענות 40 תעניות, וזרע לבטלה הוא 84 תעניות, ויש אומרים שעל כל פעם צריך להתענות סך זה) כיוון והיום אנו חלשים לכן אנו פודים את התעניות בכסף כאילו התענינו, וכל תענית שווה לסעודה (סכום שאפשר לקנות סעודה, כמו לחם עם לפתן), ולכן צריך לתת סך 40+84 סעודות.
ועוד יש וידוי שכתב רבי יהודה פתייה, שצריך לומר, לכן כדאי שתיצור קשר עם הישיבה ונשלח לך את התיקון.
אבל דע, שעצם שקיבלתם לקיים טהרת המשפחה זה התשובה הגדולה ביותר, (שהיא עזיבת החטא), אלא שצריך לעשות וידוי על העבר ותיקון על עצם הפגם.
מכל מקום, הלכות טהרת הבית רבות, ולכן כדאי שתלכו יחד ללמוד אצל מדריכי חתנים/כלות תלמידי חכמים ותדעו את כל ההלכות מבלי להכשל ח"ו להבא.

לגבי השאלה השנייה, אין מה לעשות, אלא לחנך את ילדכם למידות טובות ולתורה, כמו שכתב מרן הסטייפלער, שאם הילדים הם בעלי מידות טובות - אין כאן חשש לבני נידה, ולכן הקפידו לשלוח את ילדכם ללמוד תורה שיגדלו למידות טובות ולא לבתי ספר שמשחיתים את מידותיהם.

בברכה.