הקדמה למשנה:
הגמרא מספרת על רבן יוחנן בן זכאי שמימיו לא שח שיחה חולין, ולא הלך ארבע אמות בלא תורה ובלא תפילין, ולא קידמו אדם מעולם לבית המדרש, ולא ישן בבית המדרש לא שנת קבע ולא שנת ארעי, ולא הרהר בדברי תורה במבואות המטונפים, ולא הניח אדם מעולם בבית המדרש ויצא, ולא מצאו אדם יושב ודומם אלא תמיד היה יושב ושונה, ולא פתח אדם לתלמידיו דלת מעולם אלא הוא בעצמו, ולא אמר דבר שלא שמע מפי רבו מעולם, ולא אמר הגיע עת לעמוד מבית המדרש חוץ מערבי פסחים וערבי יום הכיפורים.
ובגמרא ירושלמי מסופר שפעם אחת הלל הזקן חלה,ונכנסו תלמידיו לבקרו, ורבן יוחנן בן זכאי מרוב ענוותנותו נשאר בחצר, אמר להם הלל לתלמידיו היכן הוא הקטן שבכם שהוא אב לחכמה ואב לדורות והוא יהיה הגדול שבכם, אמרו לו תלמידיו שהוא נמצא בחצר, אמר להם יכנס, כיוון שנכנס רבן יוחנן בן זכאי אמר עליו הלל את הפסוק "להנחיל אוהבי יש ואוצרותיהם אמלא".

ביאור המשנה:
חמישה תלמידים היו לו לרבן יוחנן בן זכאי – לרבן יוחנן בן זכאי היו הרבה תלמידים, ומנה כאן התנא את חמשת התלמידים הגדולים שהיו לו, שלהם נמסרה הקבלה.
הוא היה מונה שבחן – היינו רבן יוחנן בן זכאי היה מונה את שבח של כל תלמיד ותלמיד.
רבי אליעזר בן הורקנוס בור סוד שאינו מאבד טיפה – היינו שלא היה שוכח דבר מעולם, כמו הבור אחרי שסדו אותו בסיד אינו מאבד טיפה והמים לא נבלעים אפילו בדפנותיו, כך רבי אליעזר אינו מאבד דבר מהשמועה שלמד.
רבי יהושע בן חנניה אשרי יולדתו – היינו שהיה שלם במידות טובות עד שהיו הבריות אומרות עליו אשרי מי שילדה אותו, והתלמוד ירושלמי מספר שאימו גרמה לו להיות תלמיד חכם שהיתה מחזרת על כל בתי מדרשות שבעיר, והיתה אומרת להם בקשו רחמים על העובר שנמצא בי שיהיה תלמיד חכם, ומיום שנולד אימו לא הוציא אותו מבית המדרש כדי שישמע רק דברי תורה ולא דברים בטלים.
רבי יוסי הכהן חסיד – היינו שתמיד עשה לפנים משורת הדין, ולכן נקרא חסיד.
רבי שמעון בן נתנאל ירא חטא – שהיה מחמיר על עצמו ואוסר על עצמו גם דברים מותרים כדי שלא יבוא לידי חטא.
רבי אלעזר בן ערך כמעין המתגבר – שהיה חרוץ וחריף, והיה מפולפל הרבה ומחדש דברים חדשים מעצמו מכוח סברתו.
הוא היה אומר – היינו רבן יוחנן בן זכאי.
אבא שאול אומר משמו - היינו שאמר משמו של רבן יוחנן בן זכאי.
והמפרשים מסבירים שלא נחלקו אבא שאול ותנא קמא, אלא תנא קמא דיבר לענין הידיעה שרבי אליעזר בן הורקנוס היה הכי גדול, ולענין החידוד והסברא היה ריב אלעזר בן ערך הכי גדול.
ויש מפרשים את מחלוקתם לענין מה עדיף סיני או עוקר הרים, היינו סיני זה מי ששנה משנה וברייתא וזה סדור לו ומונח לו כמו נתינתן מהר סיני (היינו שהכל ברור לו), או שעדיף מי שהוא עוקר הרים, היינו שהוא חריף ומפולפל בתורה אף על פי שאין משנה וברייתא סדורים לו כל כך, ותנא קמא סבר שסיני עדיף ולכן אמר שרבי אליעזר בן הורקנוס מכריע את כולם, ואבא שאול סבר שעוקר הרים עדיף ולכן רבי אלעזר בן ערך הוא מכריע את כולם.

מעשה שהיה:
החפץ חיים שואל שאלה, הרי הזיכרון הוא מתנת ה' יתברך לאדם, ואם כן מה השבח שנשתבח בו רבי אליעזר בן הורקנוס שאינו מאבד שום דבר ממה שלמד? וענה החפץ חיים שלא כן הדבר הוא, שכן ה' נותן לאדם זיכרון, אולם על ידי ההתמדה והיגיעה בתורה ממשיך ה' יתברך ונותן עוד לאדם זיכרון, ומספר החפץ חיים סיפור, שבעיירתו של החפץ החיים היה זקן אחד שסיפר שבילדותו לפני שבעים שנה, הקיסר של רוסיה עבר דרך העיירה, והזקן תיאר איך שהעגלה של הקיסר הייתה רתומה לשני סוסים לבנים, והנהג של העגלה היה לבוש במדי צבא עם כובע מרובע על ראשו, והמשיך הזקן לתאר שנהג העגלה היה לחייו אדומות, ואיך הנהג ישב על מושבו עם המושכות בידו, ועוד תיאר הרבה סימנים, ולעומת זאת שהיו שואלים אותו אם פגש את בנו ברחוב, הוא לא היה זוכר כל כך איך היה לבוש, ואומר החפץ החיים רואים איך הזקן בזקנותו זכר את כל הפרטים של החגיגה שעבר הקיסר, וכל זה מפני שהשתוקק בשעת מעשה לראות את הקיסר, הרי הדבר נחרת בליבו עד שלא שכח אפילו בזקנותו, כך הדבר אצל רבי אליעזר בן הורקנוס שנתן את דברי התורה על ליבו בהשתוקקות מופרזת, עד שלא שכח דבר אחד מלימודו, וזה מראה על חביבות התורה, ונהייתה התורה חרותה על ליבו.