הקדמה למשנה:
רבי אלעזר בן ערך היה אחד מחמשת תלמידיו של רבי יוחנן בן זכאי, ומסופר עליו שפעם אחד רבן יוחנן בן זכאי היה רוכב על החמור ורבי אלעזר היה הולך אחריו, אמר רבי אלעזר לרבן יוחנן, רבי שנה לי פרק אחד במעשה מרכבה, ענה לו רבן יוחנן הלא אמרתי לכם שאין שונים במעשה מרכבה ביחיד, אלא אם כן חכם מבין מדעתו, אמר לו רבי אלעזר לרבן יוחנן תן לי רשות לומר דבר אחד שלימדתני, מיד רבן יוחנן בן זכאי ירד מהחמור והתעטף וישב על אבן תחת עץ הזית, אמר לו רבי אלעזר לרבין יוחנן מפני מה ירדת מהחמור? ענה לו רבן יוחנן אפשר שאתה תדרוש במעשה מרכבה ושכינה עמנו ומלאכי השרת מלווין אותנו ואני ארכב על החמור? מיד פתח רבי אלעזר את פיו והתחיל לדרוש במעשה מרכבה, והתחילה לרדת אש מן השמים וסיבבה את כל האילנות שבשדה, ופתחו האילנות לומר שירה לה' יתברך, ואמר מלאך אש מן השמים הן הן מעשה מרכבה, עמד רבן יוחנן בן זכאי ונשק את רבי אלעזר על ראשו, ואמר ברוך ה' אלוהי ישראל, שנתן בן לאברהם אבינו, שיודע להבין ולחקור ולדרוש במעשה מרכבה, אשריך אברהם אבינו שאלעזר בן ערך יצא מחלציך.

ביאור המשנה:
רבי אלעזר אומר - עיין פרק א' משנה ב'.
הוי שקוד ללמוד תורה, ודע מה שתשיב לאפיקורוס - יש מבארים שהמאמר "הוי שקוד ללמוד תורה" הוא בפני עצמו, היינו שתלמד תורה הרבה הרבה ותתמיד בה ותחזור עליה תמיד, והמאמר "ודע מה שתשיב לאפיקורוס" הוא ציווי אחר שהאדם ילמד גם טעמי המצוות ודברי העיונים כדי להשיב תשובות לאפיקורסים (מאירי, תפארת ישראל), ויש מבארים שמאמר זה הוא עם המשך המאמר "ודע מה שתשיב לאפיקורוס", היינו שתיקבע האדם עצמו ללמוד תורה היטב היטב כדי שידע להשיב לאפיקורוס, אף על פי שאתה מאמין בה' יתברך ובתורתו גם ללא הלימוד בהעמקה, בכל זאת תלמוד ותחקור את התורה כדי שתוכל להשיב לכל המינים והאפיקורסים (רבנו יונה, רבנו בחיי, רמב"ם).
אפיקורוס פירושו מלשון הפקר, שנוהג הפקר בעולם הזה שאינו מאמין בעולם הבא (רבנו בחיי, מחזור ויטרי), ויש מבארים שזהו שם של אחד מהיונים שהיה כופר גדול בעולם, והיה אומר שאין אלוהים, וחכמים לקחו את שמו ונתנו אותו לכל מי שהוא כופר בה' יתברך ובתורתו (רשב"ץ).
ודע לפני מי אתה עמל - זהו המשך המאמר הקודם, היינו אף על פי שתלמד מה ואיך להשיב לאפיקורוס, צריך להיזהר האדם שלא יעלה בליבו מן הדעות הכוזבות של אומות העולם, לכן תדע לפני מי אתה עובד (רבנו יונה, רבנו בחיי, רשב"ץ), ויש מפרשים שזה מאמר בפני עצמו ללא קשר למאמר הקודם, ופירושו הוא שתדע ותכיר את ה' יתברך כמה שהוא גדול ונורא, ואתה עושה את פעולותיך למענו במצוות ולימוד תורה, ועל ידי זה תעבוד את ה' יתברך ביראה ותמיד תנסה לרצות אותו (מחזור ויטרי, ר"י נחמיש).
ונאמן הוא בעל מלאכתך שישלם לך שכר פעולתך - כוונת התנא הוא שיעשה האדם את מעשיו לא יעשה אותם בעצלות וברמיה לחפף דברים, אלא בכוונה ובשלמות, משום שה' יתברך הוא בעל המלאכה שאליו אתה עושה ואין שום נסתר מלפניו, ובנאמנות ישלם לך שכר מעשיך, ובתפארת ישראל מפרש שאל תדאג בעבור הפעולות שלך בלימוד התורה והתמדתה, שהרי ה' יתברך הוא בעל מלאכתך והוא ישלם לך ענייני פרנסתך, משום שבידו מונחות הצלחות העולם הזה.

מעשה שהיה:
בשנת תקי"ט גזר הבישוף מיקאלסקי על רבני ישראל להתייצב לפניו ולעמוד בויכוח דתי עם המומר יעקב פרנק וחבריו, ונבחרו לשם כך רבי חיים הכהן ורבי ישראל בעל שם טוב ורבי יצחק שוב, באמצע הויכוח שאל רבי יצחק שור את המומר יעקב פרנק איך העיז לחלל את השבת ולעבור על גילוי עריות אשר נאמרו להדיא בסיני במתן תורה, השיב המומר כי תוקף איסורי התורה היה עד לזמן של התגלותו של שבתי צבי, וממנו והלאה תורה חדשה יצאה בעולם ובטל וכל האיסורים, וממשיך המומר ואומר והנה תראה אני הוכיח לך את זה, על ידי שאזמן את אביך ואמך מעולם האמת והם יעידו כדברי, והמומר שרק בשפתיו ובאו שני אנשים בדמות אביו ואמו של רבי יצחק שור, ואמרו שני האנשים הללו כמו שהמומר אמר, רבי יצחק שור אמר להם הנה לדבריכם גם מצות "כיבוד אב ואם" שבתורה בטלה מן העולם מזמן שבתי צבי, ולכן אינני חייב לכבדכם, ולכן לקח רבי יצחק שור את מקלו והכה אותם על ראשם, ומיד כשהכה אותם נפלו לארץ מתים, ואז ראו כולם שהיו שני כלבים, ונודע הדבר לכל הנוכחים ולבישוף שיעקב פרנק עשה זאת בכישוף, ולכן רגז הבישוף על יעקב פרנק והעניש אותו ואת חבריו עינויים קשים.