מנהג העולם לחלוץ תפילין בתפילת שחרית רק לאחר אמירת קדושת "ובא לציון", ויש אומרים על פי הקבלה שאין לחלוץ תפילין עד אחר קדיש של "יהא שלמא" שאחר קדיש של "קדיש תתקבל", כדי שהתפילין יהיו על האדם בארבע קדישים (1. חצי קדיש שלפני ברכות קריאת שמע. 2. חצי קידש שאחר תפילת שמונה עשרה. 3. "קדיש תתקבל". 4. "קדיש יהא שלמא") ושלוש קדושות (1. קדושת יוצר. 2. קדושת החזרה. 3. קדושת ובא לציון), אולם יש סוברים של פי הקבלה יש לומר עם התפילין ארבע קדושות (השלוש שכתבנו למעלה, ואמירת "ברכו את ה' המבורך" שלפני ברכות קריאת שמע היא הקדושה הרביעית), ושלוש קדישים, ולפי דבריהם אפשר לחלוץ את התפילן אחר "קדיש תתקבל", ורבנו האר"י היה נוהג שלא לחלוץ את התפילין אלא עד סיום של "על כן נקוה לך" שבעלינו לשבח, וכן ראוי לנהוג לכל אדם.
הנוהגים לחלוץ תפילין אחר קדושת "ובא לציון", ביום שמוציאים בו ספר תורה, יחלצו תפילין רק אחר שהחזירו את הספר תורה למקום, וכל זה דווקא לאלו שנוהגים להחזיר את הספר תורה אחר קדושת "ובא לציון", אולם הנוהגים להחזיר את התפילין אחר שסיימו לקרוא, לא יחלצו את התפילין אלא רק אחרי קדושת "ובא לציון", ואם הוצרך להוריד את התפילין בשעה ספר התורה פתוח, יזהר שלא לחלוץ את התפילין של ראש בפני הספר תורה, אלא יפנה לצדדים ויחלוץ את התפילין, אולם אם אינו מגלה את ראשו בשעה שמוריד את התפילין, כגון שראשו נשאר מכוסה בטלית, אין צריך להיזהר בזה ויכול להוריד בפני הספר תורה, וכן שחולץ תפילין של יד אין צריך להיזהר שלא לחלוץ בפני ספר תורה (וכל זה במקום שחייב להוריד את התפילין בשעת ספר התורה, אבל אם אינו חייב, כבר כתבנו שהמנהג הוא לחלוץ תפילין אחר רק קדושת "ובא לציון", וראוי לכל אדם להישאר עם התפילין עד אחר סיום התפילה), וכן מותר לחלוץ תפילין כאשר ספר התורה סגור בתוך תיק.  

ראוי לכל אדם ללמוד עם התפילין אחר התפילה.

יש להיזהר שלא לחלוץ תפילין בשעה שאומרים קדיש, כדי שלא יסיח דעתו מעניית "אמן יהא שמיה רבא".

ביום ראש חודש חולצים תפילין קודם תפילת מוסף, והטעם הוא מפני שאומרים בחזרת הש"ץ קדושת "כתר", ולכן ראוי גם שלא יהיו עליו תפילין גם בתפילת הלחש של מוסף, וגם לפי הקבלה אין ראוי שיהיו עליו תפילין בשעת תפילת מוסף ויש להם טעם אחר.
המנהג לחלוץ תפילין בראש חודש הוא לאחר שאמרו "חצי קדיש" קודם תפילת מוסף.

דעת כמה מרבותינו המקובלים שאחר שהוריד תפילין בראש חודש לפני תפילת מוסף, שוב אין להניח תפילין במשך כל היום, ולכן מי שרגיל להניח תפילין של רבנו תם בכל יום יזהר לכתחילה להניח תפילין של רבנו תם קודם תפילת מוסף, כגון לפני קריאת התורה או בשעה שפותחים את ההיכל או לאחר קריאת התורה, ומכל מקום אם לא הספיק להניח תפילין של רבנו תם מחמת שלא היה לו זמן, רשאי להניח תפילין של רבנו תם לאחר תפילת מוסף.

מי ששכח לומר "יעלה ויבוא" בתפילת שחרית של ראש חודש, ונזכר אחר שהתפלל תפילת מוסף שלא אמר בתפילת שחרית "יעלה ויבוא", הדין הוא שצריך לחזור ולהתפלל שוב תפילת שחרית, ונכון שיחזור ויניח תפילין קודם שמתפלל שחרית.

אם נמצא במקום שיש כמה מניינים ויש עליו תפילין, ושומע ציבור שמתפללים מוסף ובאים לומר קדושת "כתר", אם לו שהות לחלוץ את התפילין קודם שיענה לקדושה של מוסף ("כתר"), יחלוץ את התפילין ויענה עמהם קדושה, אולם אם אין לו שהות להוריד את התפילין, יזיז את התפילין של ראש ממקומן
לצד אחר ויכניס את הבגד או את הטלית מתחת לתפילין של יד כדי שיהיה חוצץ בין ידו לבין התפילין, ויענה קדושת "כתר", ואם אין לו שהות גם להזיז את התפילין וכבר שומע קדושת "כתר" יענה קדושת "כתר" אפילו שיש לו תפילין עליו.

אם שכח לחלוץ תפילין קודם תפילת מוסף ונזכר באמצע התפילה שהתפילין עליו, יזיזם ממקומם וימשיך בתפילתו, ואם כבר סיים את תפילת מוסף והתפלל עם התפילין אינו צריך לחזור ולהתפלל.

כאשר חולץ תפילין צריך לחלוץ תחילה תפילין של ראש ורק אחר כך תפילין של יד, מפני שנאמר "והיו לטוטפות בין עיניך", ולמדו חז"ל שכל זמן שהתפילין של ראש מונחות על הראש יהיו עליו תפילין של יד, ולכן נאמר "והיו" שזה לשון רבים, ואם יוריד את התפילין של יד קודם תפילין של ראש, נמצא שיש עליו תפילין של ראש בלבד, ואין כאן כל זמן שהתפילין של הראש נמצאות על הראש יש עליו שני תפילין, וקודם שיחלוץ תפילין של ראש יסיר את שלושת הכריכות מעל האצבע, ולדעת כמה מרבותינו המקובלים יוריד גם שנים או שלושה כריכות מן היד (מתוך השבע כריכות שכורכים על ביד) קודם שמוריד את התפילין של ראש.

תפילין של ראש צריך לחולצן מעומד, וכן שלושת הכריכות צריך להסירן מעומד, וכן גם אלו שנוהגים מן היד שנים או שלושה כריכות מן היד יוריד אותם בעמידה, ותפילין של יד לפי הספרדים ועדות המזרח שמניחים תפילין של יד בישיבה הוא הדין כאשר מוריד תפילין של יד יורידם בישיבה, אולם למנהג אשכנזים שמניחים תפילין של יד בעמידה יחלוץ תפילין של יד בעמידה.

גם שמוריד את הטלית יעשה זאת כשהוא עומד, ויורידה רק לאחר שסיים את חליצת התפילין.

טוב לחלוץ את התפילין ביד שמאל, כדי להראות שקשה עליו לחלוץ את התפילין, וכן הטלית טוב להורידה ביד שמאל, ואיטר יד שהוא מניח תפילין ביד ימין של כל אדם (היינו שמאלי) יחלוץ תפילין בימין כל אדם (היינו ביד ימין שהיא היד החלשה שלו), ואפילו אם כותב בימינו ועושה כל מלאכתו ביד שמאל (שמעיקר הדין מניח תפילין ביד שמאל של כל אדם, וכמו שנבאר בסייעתא דשמיא), יחלוץ תפילין של ראש בימין של אדם.

לא יכרוך את הרצועות על הבתים, אלא יכרוך בצדי הבתים על התיתורא, ובזמנינו שמכסים את התפילין בתוך קופסה מיוחדת, ורק אחר כך כורכים את הרצועות, מותר לכרוך את הרצועות על הבית, כיוון שהתפילין מכוסות בבית, ויש נוהגים לכרוך את הרצועות משני צדי התפילין.
כאשר מקבל את התפילין לא יסובב את בית התפילין סביב הרצועה, אלא יאחז את בית התפילין בידו ויסובב ויכרוך את הרצועה מצדדיו.

טוב שאת התפילין יקפל בעצמו ולא יתן לאחר שיקפל לו את התפילין, כדי להראות את חיבוב המצוה, וכתב מרן השולחן ערוך שמנהג החכמים לנשק את התפילין בשעת הנחתן ובשעת חליצתן, ולכן טוב שכל אחד יעשה זה והוא מנהג יפה, ומכל מקום בשעה שמניח תפילין לא ינשק את תפילין של ראש קודם שמניח אותם אחר שברך על תפילין של יד, מפני חשש הפסק בין ברכת תפילין של יד לבין הנחת תפילין של ראש.