הקדמה למשנה:
יהושע בן פרחיה ונתאי הארבלי היו הזוג השני בתקופת הזוגות, יהושע בן פרחיה היה נשיא ונתאי הארבלי היה אב בית דין, והם היו בתקופת בית שני בימי ינאי המלך כמאתיים שנה לפני חורבן בית המקדש.
והגמרא במסכת סוטה (דף מז' עמוד א') מספרת שינאי המלך רדף אחרי חכמי ישראל והרג חלק מהם, רבי יהושע בן פרחיה ברח לאלכסנדריה שבמצרים, ושנעשה שלום בין חכמי ישראל לינאי המלך על ידי שמעון בן שטח, שלח שמעון בן שטח לרבי יהושע בן פרחיה שיבוא לארץ ישראל, בדרך חזרתו של רבי יהושע בן פרחיה נכנס עם תלמידיו לבית מלון אחד, ועשו לו כבוד גדול, והתחיל רבי יהושע בן פרחיה לשבח את בעל האכסניה ואת אשתו, אמר לו ישו רבי העיניים של בעלת האכסניה הזאת טרוטות (היינו שעיניה היו עגולות), אמר לו רבי יהושע בן פרחיה רשע וכי בכך אתה עוסק שאתה מסתכל על אשת איש איך היא נראית, ורבי יהושע נידה אותו, ומספרת הגמרא ישו היה בא כל יום לפני רבי יהושע בן פרחיה כדי שיקבל אותו חזרה, ורבי יהושע לא קיבל אותו, ופעם אחת בא ישו לפני רבי יהושע בן פרחיה כדי שיקבל אותו, ורבי יהושע בן פרחיה היה באמצע קריאת שמע ורמז לו שימתין, ורבי יהושע רצה לקבלו, אולם ישו לא הבין את הרמז וחשב ששוב פעם הרב רוצה לדחות אותו, והלך ישו ועבד עבודה זרה והחטיא את הרבים, ולאחר זמן פנה אליו רבי יהושע לישו שיחזור בתשובה, ענה לו ישו למדתי ממך שמי שמחטיא את הרבים אין מספיקין בידו לחזור בתשובה, ואמרו בגמרא ישו כישף והסית והדיח את עם ישראל, עד כאן דברי הגמרא, וכתב הראב"ד הראשון (רבי אברהם בן דוד הלוי) בספרו "ספר הקבלה" וזה לשונו "כותבי זכרונות ישראל על פי חכמי התלמוד אומרים כי יהושע בן פרחיה הוא רבו של ישו הנוצרי, והיה בימי ינאי המלך, אבל כותבי זכרונות של אומות העולם אומרים, כי ישו נולד בימי הורדוס, ובימי ארקילוס בנו נתלה, ומחלוקת גדולה היא, שיש הפרש יותר ממאה שנים, וקבלת האמת היא בידינו" עד כאן לשונו, וכן עוד ראשונים אומרים שזה אותו ישו הנוצרי, אולם יש ראשונים טוענים שהיו שני ישו, אחד בימי רבי יהושע בן פרחיה, והשני הוא ישו הנוצרי שהיה לפני החורבן.

ביאור המשנה:
יהושע בן פרחיה ונתאי הארבלי קבלו מהם - היינו שהם קיבלו ולמדו את התורה מיוסי בן יועזר ומיוסי בן יוחנן.
יהושע בן פרחיה אומר - היינו שהיה רגיל לומר דבר זה, (ועיין פרק א' משנה ב').
עשה לך רב - היינו שאדם יעשה לעצמו רב שילך על פי מה שאומר לו, ותמיד יוכל תמיד לשאול בעצתו.
וקנה לך חבר - תשתדל שיהיה לך חבר נאמן ואהוב, כדי שיהיה לך תמיד ממי לקחת עצה לחיים, וגם בשביל שיעזור לך להתקדם בעבודת ה', ויהיה חברו זה בן סודו, ואפילו אם צריך להוציא כסף ומתנות בשביל שתרבה אהבה ביניכם אתה צריך לעשות זאת.
והוי דן את כל האדם לכף זכות - אם ראית את אדם שאינו מוחזק לרשע ואינו מוחזק לצדיק, עושה מעשה שאפשר לפרשו לשני צדדים לצד חיובי (זכות) או לצד שלילי (חובה), תכריע לדון אותו לצד החיובי (זכות) ואל תחשדהו שעושה עבירה.

מעשה שהיה:
הגמרא במסכת שבת (דף קכז עמוד ב') אומרת "תנו רבנן הדן את חברו לכף זכות דנים אותו בשמים לכף זכות, ומעשה שהיה באדם אחד שהלך לדרום, לעבוד אצל בעל הבית, והוא עבד אצל בעל הבית שלוש שנים. לאחר שלוש שנים בערב יום כיפור הפועל רצה לחזור לביתו ולכן ניגש לבעל הבית וביקש ממנו שכרו של שלוש שנים, אמר לו הפועל לבעל הבית תן לי שכרי כדי שאוכל לפרנס את אשתי ובני, ענה לו בעל הבית אין לי מעות, אמר לו הפועל תן לי פירות, ענה לו בעל הבית אין לי פירות, אמר לו הפועל תן לי קרקע, ענה לו בעל הבית אין לי, אמר לו הפועל תן לי בהמה, ענה לו בעל הבית אין לי, אמר לו הפועל תן לי כרים וכסתות, ענה לו בעל הבית אין לי, ראה כך הפועל שבעל הבית אינו מביא לו כלום לקח את כליו והלך לביתו בפחי נפש, לאחר חג סוכות לקח בעל הבית את הכסף שחייב לפועל והלך לביתו של הפועל להביא לו את הכסף, ועוד לקח בעל הבית שלושה חמורים על חמור אחד העמיס מאכל על חמור שני העמיס שתיה ועל חמור שלישי העמיס מיני מגדים, וכשהגיע בעל הבית לביתו של הפועל אכלו ושתו ביחד ונתן לו בעל הבית לפועל את שכרו שעבד אצלו שלוש שנים. אחר כך שאל בעל הבית את הפועל בשעה שאמרת לי תן לי מעות ואמרתי לך אין לי במה חשדתני?, ענה לו הפועל אמרתי בלבי שמא הזדמן לך סחורה בזול וקנית אותה ולא נשאר לך מעות, והמשיך בעל הבית ושאל את הפועל ובשעה שאמרת לי תן לי בהמה ואמרתי לך אין לי בהמה במה חשדתני?, ענה לו הפועל אמרתי בלבי שמא השכרת את הבהמה שלך לאנשים אחרים, המשיך בעל הבית ושאל את הפועל ובשעה שאמרת לי תן לי קרקע ואמרתי לך אין לי במה חשדתני?, ענה לו הפועל אמרתי בלבי שמא הקרקע שלך מוחכרת אצל אחרים, (חכירה היא הסכם שהחוכר מקבל את שדה חברו, כדי לעבדה והוא מקבל את הפירות תמורת העבודה, וחוכר צריך גם לתת לבעל השדה כמות קצובה של פירות תמורת החכירה), המשיך בעל הבית ושאל את הפועל ובשעה שאמרת לי תן לי פירות ואמרתי לך אין לי במה חשדתני?, ענה לו הפועל אמרתי בלבי שמא הפירות אינם מעושרים, ולכן אין אתה יכול לתת לי, המשיך בעל הבית ושאל את הפועל ובשעה שאמרת לי תן לי כרים וכסתות ואמרתי לך אין לי במה חשדתני?, ענה לו הפועל אמרתי בלבי שמא הקדשת את כל נכסיך לשמים, (אדם שמקדיש חפץ לבית המקדש או לשם ה' יתברך אסור לאף אדם להשתמש בחפץ, כי הוא נקרא "מועל" משום שזה שייך לשמים), אמר לו בעל הבית "העבודה כך היה הדרתי (אסרתי בנדר) את כל נכסי בגלל הורקנוס בני שלא רצה ללמוד תורה, ולכן הקדשתי אותם לשמים כדי שבני הורקנוס לא יהנה מן הנכסים", (העבודה זה לשון של שבועה, הכוונה שבעל הבית נשבע שבאמת כך היה), וממשיך בעל הבית ואומר והלכתי לתלמידי החכמים הם התירו לי את הנדר, ואתה כשם שדנתני לזכות המקום ידין אותך לזכות", עד כאן המעשה בגמרא.
רואים ממעשה זה עד היכן אפשר לדון את האדם לכף זכות, וכמה אותו אדם שרואה את חברו אינו רואה את התמונה במלואה, כמו שרואים ממעשה זה שמי היה חושב ומאמין שאדם הקדיש את כל נכסיו לשמים, ובכל זאת כך היה באמת שהקדיש את נכסיו לשמים, לכן ישתדל אדם תמיד לחפש אצל חברו איזה כף זכות, ולהסתכל עליו בעין יפה.