שלום רב,
אם יניח את הקליפות של הגרעינים לתוך כלי הרי הכלי נהיה מוקצה כי הוא נהיה בסיס לדבר האסור, וזה נקרא לבטל כלי מהיכנו וזה אסור. לכן לכתחילה לשים בצלחת משהו שאינו מוקצה, גרעין אחד וכד', ועל זה לפצח. ואם לא הניח וכבר יש צלחת מלאה קליפות גרעינים אפשר לפנות את הקליפות כדין גרף של רעי.
בברכה.