אסור שיהא דבר חוצץ על גופו בין בתפילין של יד בין בתפילין של ראש, וכן יש להיזהר לכתחילה שלא יהיה על גופו עפר או לכלוך, ולכן יש כאלו שמקפידים לרחוץ במים את מקום הנחת התפילין כדי שלא יהיה שם שום חציצה, אולם אלו שנוהגים לעשות כן צריכים להיזהר שלא ישארו שם טיפות.  
אדם שהסתפר ונשארו מעט שערות חתוכות על הראש, הנכון הוא שיחפוף את ראשו במים יפה קודם שיניח תפילין, וכן מי שיש לו נשירה בשערות או קשקשים על ראשו הנכון הוא שיסרק את ראשו קודם שיניח תפילין כדי שיסירם, ומכל מקום אם אינו יכול לחפוף או לסרוק את ראשו יכול להניח תפילין על ראשו.

מי שיש לו פוני או בלורית אין השיער חוצץ לתפילין של ראש, ומכל מקום הירא לדבר ה' ראוי ונכון שלא לגדל את שער הראש.

אם אין כל בית התפילין אינו מונח כולו על ראשו אלא חלק ממנו תלוי באויר, אין בזה שום בעיה, ובלבד שבית התפילין יהיה כנגד המקום הראוי של הנחת תפילין של ראש.

נחלקו הפוסקים אם דין חציצה בתפילין של יד שייך גם ברצועות של התפילין או רק שדין חציצה הוא רק לענין היכן שמניחים את בית התפילין, ומכל מקום לכולי עלמא אחר שקשר את התפילין על ידו אין שייך בזה יותר דין חציצה, וכל שכן שאין חציצה בכריכת שבע הכריכות שכורך על היד, ולכן מעיקר הדין אין צריך להסיר את שעון היד בשעה שמניח תפילין, ומכל מקום המחמיר להורידו תבוא עליו ברכה (ויסיר את השעון קודם שמניח תפילין של יד, ולא יסיר את השעון אחר שהניח תפילין של יד קודם שהניח תפילין של ראש, מפני חשש הפסק שעושה מעשה בין הנחת תפילין של יד לתפילין של ראש).

מי שיש לו תחבושת או גבס על ידו יש בזה שלושה חילוקים:
1.אם התחבושת מכסה את כל מקום הנחת התפילין של יד, לדעת רוב הפוסקים התחבושת מעכבת את הנחת התפילין ולכן אם יכול להוריד את התחבושת יוריד ויניח תפילין, אולם אם אינו יכול להוריד או שיש לו גבס על ידו והוא מכסה את מקום הנחת התפילין, יניח תפילין על התחבושת או על הגבס ויכסה את בית התפילין בבגדו, ולא יברך על תפילין של יד אלא כאשר יניח תפילין של ראש יברך "על מצות תפילין" ויפטור את תפילין של יד.
2. אם הגבס או התחבושת מכסים רק מחצית הזרוע שסמוכה למרפק (ששם מניחים את התפילין) נכון להחמיר שאחר שהניח תפילין על התחבושת או הגבס (וכמו המקרה הראשון לא יברך על תפילין של יד אלא יברך על תפילין של ראש) יחזור ויניח את התפילין ללא ברכה על חלק העליון של הזרוע שסמוכה לכתף.
3. אם התחבושת או הגבס מכסים רק את מקום קשירת הרצועה שעל היד אבל מקום הנחת בית התפילין אינם מכסים, ואפשר להניח את בית התפילין על הבשר עצמו, יניח תפילין של יד בברכה ויכסה את בית התפילין בבגדו, וכל שכן אם יש לו רק תחבושת או גבס מכף היד עד המרפק שיכול להניח תפילין על הזרוע ולברך עליהן, ויכרוך את הרצועות על הגבס או התחבושת.

בכל המקרים הללו אין הדבר מועיל שיניח תפילין על ידו הימנית, ועדיף להניח על התחבושת או הגבס או בחלק העליון של הזרוע שסמוך לכתף היד מאשר להניח תפילין על יד ימין, ומכל מקום אין אינו יכול כלל להניח תפילין על ידו השמאלית כגון שאם יניח את התפילין יכול להיגרם נזק יותר למקום הפצע או שיש לו צער גדול להניח תפילין על יד שמאל, רק אז יניח תפילין על יד ימין בלי ברכה ויברך על תפילין של ראש.

מי שיש לו מכה באצבעו האמצעית ולא יכול לכרוך אליה את רצועות התפילין, כבר כתבנו במאמר "מקום הנחת תפילין וסדר הנחת תפילין" שיכרוך על האצבע שסמוכה לאגודל, ואם האצבע האמצעית יש עליה תחבושת או גבס יכרוך את הרצועה על התחבושת או הגבס.

אדם שיש לו תחבושת על הראש במקום שבו מניחים תפילין של ראש, או אדם שהוא זקן או חולה וחייב להניח על ראשו כובע מסיבה בריאותית, אזי אם יכול להוריד את הכובע או התחבושת רק לצורך הנחת תפילין יעשה זאת, ואם אינו יכול להוריד את הכובע או התחבושת  אף על פי שלדעת רוב הפוסקים אינו מקיים מצות תפילין של ראש, מכל מקום יניח את התפילין על התחבושת או הכובע כדי לצאת ידי חובה של כמה פוסקים, ויזהר לכסות את התפילין של ראש כדי שלא יראו אותו כך וילמדו ממנו (כמו שכתבנו למעלה שצריך לכסות גם בתפילין של יד), ולמנהג האשכנזים שמברכים גם על ראש ברכת "על מצות תפילין" לא יברך במקרה כזה על תפילין של ראש, אולם אם התחבושת או הכובע מכסים רק את מקום הרצועות אבל בית התפילין מונח על ראשו ללא הפסק, מקיים בזה מצות תפילין של ראש ולמנהג האשכנזים שמברכים על תפילין של ראש יכול לברך גם על הנחה כזאת "על מצות תפילין".

כל מה שדיברנו זה דווקא לכובע דק שנמצא על ראשו, אולם אם יש לו כובע עבה אינו מועיל שמניח תפילין על כובע כזה, ולכן אם יש לו כובע עבה אין לו להניח תפילין כלל אם אינו יכול להוריד את הכובע.      

מי שהוא קרח או נשרו שערות ראשו ומחמת כן לובש פאה נכרית, צריך להוריד את הפאה בשעה שמניח תפילין של ראש משום שהפאה זה חוצץ, ואם נמצא בציבור ומתבייש להוריד את הפאה, יניח תפילין בביתו ויקרא עמהם קריאת שמע ואחר כך ילך לבית הכנסת ויחזור ויניח תפילין על הפאה.

מי שהשתילו לו שערות בראשו והם קבועות לתמיד בראשו ואין אפשרות להורידם, שערות אלו נחשבות לחלק מגופו, ולכן מותר להניח עליהן תפילין של ראש.