תפילין של יד מניחים על הזרוע, היינו החלק שבין בית השחי לבין המרפק, ומניחם על הקיבורת שזה החלק שבו הבשר תופח, והמקום הכשר להניח תפילין זה בחצי התחתון שבזרוע שסמוך למרפק, ולכן צריכים להיזהר שהתפילין לא יהיו מעל חצי התחתון שסמוך למרפק, וכן להיזהר שלא יהיו התפילין מתחת למקום התופח היינו קרוב מאוד למרפק, ולכן יש להיזהר שלא לעשות את התפילין גדולות מדי, כדי שלא יניחם בחצי העליון של הזרוע (ואם יש לו תפילין גדולות מדי עדיף שיניחם באופן שיהיו מקצת בחלק העליון של הזרוע ממה שיהיו מונחים באופן שיהיו מקצתן במקום שאין הבשר תופח), וכן אם אינו יכול להניח את התפילין בחצי התחתון של הזרוע אלא רק בחצי העליון של הזרוע כגון שיש לו מכה, יניחן בחצי העליון של הזרוע ולא יברך עליהם.

צריך להטות את התפילין של יד מעט לצד הגוף, באופן שיהיו כנגד ליבו, ואף מי שנולד שליבו בצד ימין יעשה כן.

הלכה למשה מסיני לעשות קשר של י' בתפילין של יד, ומנהג עם ישראל לעשות את קשר י' ברצועה, שיהיה מכוון כנגד הלב, והנה מנהג הספרדים שמקום יציאת המעברתא (זה החלק שבתפילין שבו עוברת הרצועה) יהיה בצד השני של התפילין ולא בצד של הקשר של י', ולכן יוצא שההידוק של התפילין הוא כלפי חוץ, וכן יש להיזהר שלא יזוז הקשר של י' מבית התפילין, והזוהר הקודש החמיר בזה מאוד, ויש מקובלים שכתבו שגם בשעה שהתפילין מונחות בכיסם יש להיזהר שלא יזוז הקשר של האות י' מבית התפילין, ומחמת כן יש נוהגים לקשור בחוט של גיד את קשר י' אל בית התפילין, וצריך להיזהר שהקשירה תהיה באותו חוט שתופרים בו את התפילין כדי שלא תהיה חציצה בין הגיד לבין בשרו.

מקום הנחת תפילין של ראש הוא היכן שמתחילות השערות לצמוח אצל בני אדם, ולכן צריך שיהיה כל בית התפילין במקום שבו צומחות השערות ולא יהיה אפילו חלק קטן על המצח, ויש להיזהר בזה, וכן מי שקרח שנשרו לו שערות או שמעולם לא היו לו שערות יניחן במקום שבו אמורות השערות לצמוח בראש כל אדם.

הקשר של תפילין של ראש צריך להיות מאחורי הראש בגובה העורף, היינו סוף הגולגולת, ולא יניחם בצואר, וטוב שיהיה עיקר הקשר למעלה מן הגומא שמאחרי הראש, ולכן צריך להיזהר שמה שמניח תפילין של ראש התפילין יהיו מהודקים עליו, ושלא יהיה היקף הרצועה גדול מהראש משום שאז התפילין כל פעם יזוזו לו ממקומם

צריך לכוון את התפילין של ראש שיהיה בין שני עיניו, וגם קשר התפילין שמאחור יהיה באמצע העורף ולא יטה לכאן ולכאן.

אחר שהניח תפילין על היד קודם שהידק יברך את הברכה "להניח תפילין", ויהדק את הרצועה על ידו, ויש נוהגים להעביר את הרצועה על התיתורא (זה החלק הרחב שמתחת לבית התפילין) כדי להדק את הקשר חזק, והעושים כן יש להם על מה שיסמוכו, ויש נוהגים לכרוך את הרצועה שלוש פעמים סביב הזרוע למטה מבית התפילין כדי שיהיה כעין האות ש', אולם לדעת רבים מרבותינו הפוסקים והמקובלים מנהג זה אינו נכון על פי ההלכה, ולכן שב ואל תעשה עדיף, ויש נהגו שמיד שאחר שהידק את הרצועה על הזרוע, מעבירים ישר למטה מון המרפק וכורך על היד (וכן נהג הרב עובדיה יוסף זצ"ל).
אחר שמהדק את התפילין על היד מנהג ישראל לכרוך שבעה כריכות על היד, בין המרפק לכף היד,  ומנהג הספרדים ועדות המזרח לכרוך את הכריכות מן היד כלפי חוץ, ומנהג האשכנזים לכרוך מחוץ ליד אל היד, ומנהג הספרדים ועדות המזרח שהכריכה הראשונה אחר ההידוק על היד אינה מצטרפת לשבע כריכות, אלא צריך שיהיו שבע כריכות שלמות.

אחר שסיים לכרוך שבע כריכות על ידו, מניח תפילין של ראש, ואחר שמניח תפילין של ראש, כורך על אצבעו האמצעית שהיא האמה שלוש כריכות, וכורך תחילה על הפרק האמצעי ואחר כך כורך שני כריכות על הפרק התחתון שסמוך לכף היד, ויש נוהגים לומר בשעה שכורך על אצבעו שלוש כריכות את הפסוקים "וארשתיך לי לעולם, וארשתיך לי בצדק ובמשפט ובחסד וברחמים, וארשתיך לי באמונה וידעת את ה'".

מי שנקטעה אצבעו האמצעית, או שיש לו מכה על אותו אצבע ואינו יכול לכרוך עליה שלוש כריכות, יכרוך על האצבע הסמוכה לאגודל, אולם אם יש לו גבס או תחבושת על אצבעו האמצעית יכרוך עליה שלוש כריכות למרות שזה על הגבס או התחבושת.

לפי הזוהר הקדוש קודם שיניח תפילין של ראש יסתכל על שני השיני"ם שבבית התפילין של ראש, ויסתכל תחילה על על שין של ארבעה ראשים, ואחר כך יסתכל על שין של שלושה ראשים.